石斛中生物碱含量基本都呈现“茎上段>叶、根>茎中段、茎下段”的大体趋势，叶和根中的生物碱含量也很高，所以在充分利用铁皮石斛的茎之外，也不能浪费石斛叶和根的药用价值，石斛的生物碱含量1年生>2年生>野生型。

不同干燥方法处理的铁皮石斛中的总石斛碱含量几乎没有什么变化。种质、年龄、产地均显著影响铁皮石斛总生物碱。研究人员总结了不同浓度提取溶剂对金钗石斛各极性生物碱提取效果的影响，结果以80%为最佳，70%和90%浓度的乙醇生物碱提取率均低于80%。

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